با این دستگاه میتوان از نمونههای قالبگیری شده در پارافین و یا اپوکسی برش هایی به ضخامت 50 نانومتر تا ۱۰ میکرون، تهیه کرد. نمونه های پیشرفته تر این دستگاه قابلیت کار در دمای نیتروژن مایع برای تهیه نمونه کرایو از سلول ها و یا پروتئین ها یخ زده و نزدیک به حالت طبیعی را دارا می باشند. میکروتوم وسیلهای است که در آزمایشگاههای بافتشناسی، پاتولوژی و یا تحقیقاتبه منظور برش بسیار ریز مواد ، که نام مقطع را بر خود دارند ، از میکروتوم استفاده می شود و کاربرد آن در زمینه ی بررسی میکروسکوپی می باشد تا به دنبال استفاده از آن ها نمونه ها به منظور مشاهده تحت پرتوی الکترونی یا نور ساطع شده ، آماده شوند .
دستگاه میکروتومابزاری است که برای کار از تیغه های الماس ، شیشه ای یا فولادی استفاده می کند و به کارگیری این تیغه ها بستگی به نوع نمونه و ضخامت مطلوب برش به دست آمده ، دارد . به عنوان مثال از تیغه های فولادی به منظور آماده سازی قطعات بافت های حیوانی یا گیاهی برای مشاهده تحت میکروسکوپ نوری و در زمینه های بافت شناسی استفاده می شود .